José Pereira entrou nos cuidados intensivos do Hospital de Braga, com Covid-19, no dia em que foi decretado, em Conselho de Ministros, o estado de emergência. Só teve alta quando o país estava já em fase de desconfinamento.

Passou 56 dias internado, 19 dos quais ligado a um ventilador.

Ficou com várias sequelas e, por isso, foi um dos 40 doentes infetados que o hospital acompanhou no Serviço de Medicina Física e Reabilitação.