Vargas é acusado de diversos crimes, entre eles o de homicídio involuntário, mas nega todas as acusações.
O Ministério Público boliviano está a investigar também o sócio do diretor geral e a funcionária do organismo de controlo aéreo que questionou o plano de voo do avião da companhia antes do acidente. Foram ainda confiscados dois aviões da Lamia.