Nem só de vitórias se faz a vida dos vitoriosos. E não será menos verdade que a longevidade na política aumenta a probabilidade do desaire. Um dos mais notórios no percurso de Mário Soares terá sido a derrota na eleição para a presidência do Parlamento Europeu. Eleito em 1999 como cabeça-de-lista do PS para Bruxelas, Soares cumpriria um mandato de cinco anos como eurodeputado, tendo perdido para a francesa Nicole Fontaine a eleição para a presidência do Parlamento Europeu. A câmara preferiu a representante do Partido Popular Europeu, de quem Soares disse ter um discurso de "dona de casa".
A vida política do histórico socialista parecia suspensa depois de 2004, mas o velho leão voltaria a surgir, para muitos súbita e inesperadamente, um ano depois, quando é chamado por José Sócrates para defrontar Cavaco Silva nas eleições presidenciais. O PS, que descurara a candidatura de Manuel Alegre, via no senador socialista uma oportunidade plausível para derrotar o candidato da direita. Fragmentado o PS, da fragmentação colheu trunfos o social-democrata. Cavaco ganhou com mais de 50%, Alegre obteve pouco mais de 20% e Soares quedou-se pelos 14%: foi a sua maior derrota em seis décadas de vida política.
Sem desistência, longe da resignação, Mário Soares dedicou-se à Fundação com o seu nome, o seu espólio e um acervo histórico de diferentes proveniências, tornando-se numa referência absoluta na História contemporânea de aquém e de além-mar. Politicamente, o republicano, laico e socialista deu por diversas vezes mostras de inconformismo com o "establishment", traduzido em inúmeros artigos de opinião e intervenções públicas.
Polémico, ciente do seu próprio estatuto, observador incansável de Portugal e do mundo, Mário Soares construiu-se e edificou-se como símbolo nacional de resistência e liberdade. Mesmo sem consensos que a História não conseguiu validar, tantas vezes inimigos da singularidade de um perfil.